Nel Museo, al primo piano del Palazzo del Podestà, si trova anche l’Archivio Storico del Comune di Caprese Michelangelo, dove si conservano i documenti più antichi di questa comunità.
Il fondo archivistico consiste di 745 pezzi, riordinati e catalogati nel 2005. Un quarto dei documenti risale all’epoca preunitaria: è costituito da volumi, per lo più registri di tasse, datati a partire dal 1483, pochi anni dopo la nascita in questo luogo di Michelangelo Buonarroti. Vi sono in copia alcuni documenti precedenti: il più antico è un libro di privilegi ed esenzioni per Caprese da parte di Firenze, del 1384. I documenti postunitari arrivano invece fino agli anni ‘70 del Novecento.
L’archivio è consultabile dagli studiosi previa richiesta.
Collegata al Museo e all’Archivio Storico è la Biblioteca Michelangiolesca, riaperta nel 2009 presso gli attuali locali comunali di Caprese Michelangelo come biblioteca di pubblica lettura e biblioteca specialistica. La sezione specialistica riguarda la storia dell’arte (e in particolare Michelangelo Buonarroti e la scultura dell’Ottocento e del Novecento), la storia locale e non, l’archeologia, l’architettura e l’urbanistica.
Di particolare pregio è il “Fondo Guidoni”, una collezione di monografie e di cataloghi riguardanti la “piccola scultura italiana” della fine dell’Ottocento e gli inizi del Novecento, donata dal Prof. Enrico Guidoni insieme alla collezione di sculture conservate al Museo.